L'unité MIG et l'unité MIAJ ont fusionné au 1er janvier 2015. Elles constituent dorénavant la nouvelle unité MaIAGE dont le site internet est accessible via l'URL suivante : http://maiage.jouy.inra.fr.

Page personnelle de Sandra DEROZIER

Projets

  • MobyleNet : La plateforme MobyleNet est un réseau de portails web. Son objectif est, à terme, de rendre interopérables les services spécialisés de chaque noeud, de façon transparente pour l'utilisateur et d'offrir via le web une offre de services à large spectre couvrant des aspects complémentaires de la bioinformatique.
    • Mobyle : Mobyle est un framework permettant l'exécution de logiciels de bioinformatique par l'intermédiaire d'un portail web.

      À partir de fichiers XML décrivant chacun des logiciels mis à disposition (BLAST ou Clustal par exemple), une interface web est générée automatiquement au sein du portail web. Cette interface permet aux utilisateurs de lancer les analyses bioinformatiques sur leurs données, via une interface web, et sans avoir à installer les logiciels et données nécessaires sur leur poste de travail. L'accent est mis sur la réutilisation des données entre les différents logiciels grâce au typage de ces données. Chaque donnée envoyée sur le portail ou produite par un logiciel (par exemple : séquence d'ADN) est disponible pour tous les logiciels du portail capables de traiter des données de ce type. Ceci permet d'enchaîner les traitements directement sur le portail.

Formations

  • Formation sur l'utilisation de l'outil Galaxy.
  • Formation sur le langage de programmation Python.
  • Formation sur le langage de programmation Perl.
  • Formation sur le système de gestion de contenu (CMS) Drupal.

Stages encadrés

  • Guarracino, Y (2013). Implémentation de chaînes de traitement d'annotations de génomes bactériens et d'assemblage de données de séquençage dans un environnement Galaxy. Master 1 Biologie - Informatique - Université Paris Diderot (4 Mars - 31 Mai).
  • Reboul, G. (2012). Implémentation et mise en place d'un Genome Browser chez la truite arc-en-ciel. DUT Génie Biologique option Bio-Informatique - IUT d'Aurillac (2 Avril - 30 Juin).
  • Ben Hassine, N. (2012). Etude de l'influence du microbiote intestinal sur l'axe Hypothalamo-Hypophyso-Surrénalien dans le cas du stress aigu chez le rat par des approches : protéomique, transcriptomique et bioinformatique. Master 2 Génomique et Post Génomique Spécialité Génie Biologique et Informatique - Université d'Evry Val d'Essonne (16 Janvier - 31 Juillet).

Publications

  • Derozier S., Samson F., Tamby J.-P., Guichard C., Brunaud V., Grevet P., Leple J.-C., Lecharny A. and Aubourg S. (2011).

      Exploration of plant genomes in the FLAGdb++ environment.   [Plant Methods]

  • Roudier F., Ahmed I., Bérard C., Sarazin A., Mary-Huard T., Cortijo S., Bouyer D., Caillieux E., Duvernois-Berthet E., Al-Shikhley I., Giraut L., Després B., Drevensek S., Barneche F., Dèrozier S., Brunaud V., Aubourg S., Schnittger A., Bowler C., Martin-Magniette M. L. Robin, S. Caboche M. and Colot V. (2011). 

      Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in arabidopsisembo open.   [The EMBO Journal]

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