Cycle Licence (L1, L2, L3)

• Université Paris 8, IUT Montreuil, L3 - Licence Informatique Decisionnelle (CSID):
  • Cours-TD Data Mining - N.Turenne (7 heures)
• Université Paris 9, Dauphine, L3 - MIDO (Mathématiques et Informatique de la Décision et des Organisations) :
  • Cours-TD-TP de statistiques exploratoires - P. Nicolas (40 heures)- A. Grelaud (40 heures)
• Université Paris 13, UFR SMBH, L2 - Licence Biologie:
  • TD Perl-MySql - N.Turenne (30 heures)
• UPMC (Université Pierre et Marie Curie) Paris 6 :
  • TD MATH100 (mathématiques, statistiques) - K. Zimmermann (70 heures).
  • TD Informatique - K.Zimmermann (40 heures).
• ISBS (Inst. Sup. BioScience), Champs sur marne:
  • Mathématiques pour bio-info - K. Zimmermann (16 heures)
• INA-PG, 1ère année :
  • Initiation à la modélisation en génomique - F. Rodolphe (3 heures)

Cycle Master (M1, M2)

• Université Paris 6, Master Pro Management des Connaissances et des Contenus (M2):
  • Présentation de logiciels d'analyse de textes (Beluga, svcR, Kaskad) - N. Turenne (3 heures)
• Université Paris 7, Master Pro Informatique Linguistique :
  • Ontologie et lexique sémantique - N. Turenne (14 heures)
• Université Paris 7, Master professionnel, Mention : "Structure, Protéome et Génomique Fonctionnelle", M2 :
  • Module de spécialisation : "Ingénierie Génomique Fonctionnelle"
    • Analyse fonctionnelle in silico - JF Gibrat (12 heures)
    • Bases de données relationnelles - P. Bessières (21 heures)
    • Chaînes de Markov pour l'analyse de séquences et Recherche de mots de frequence exceptionnelle (cours/TP) - S. Schbath (6 heures)
• Université Paris 7, Master Sciences et Applications, Mention : "Biologie Informatique", M2 :
  • Module de spécialisation : "Annotation des génomes microbiens"
    • Annotation des génomes microbiens - JF Gibrat (8 heures), V. Loux (7 heures)
    • Comparaison de génomes microbiens - H. Chiapello (1 heure 30)
    • Chaînes de Markov cachées et prédiction des gènes - P. Nicolas (2 heures)
    • Analyse fonctionnelle in silico : propriétés intrinsèques des séquences - JF Gibrat(2 heures)
    • Intégration des connaissances en génomique - P. Bessières (1 heure 30)
    • Liens fonctionnels et contexte des gènes procaryotes - P. Bessières (1 heure)
  • Module de spécialisation "Ingénierie Logicielle en Biologie"
    • Bases de données relationnelles - P. Bessières (18 heures), A. Gendrault-Jacquemard (6 heures)
  • Module de spécialisation "Techniques avancées d'apprentissage en Biologie"
    • Chaînes de Markov pour l'analyse des séquences - S. Schbath (2 heures)
    • TP Mots exceptionels avec R'MES - S. Schbath (1 heure)
    • Introduction aux chaînes de Markov cachées pour l'analyse des séquences - S. Schbath (3 heures)
• Université Paris 9 (Dauphine), Master de Statistique (M2):
  • Cours de génétique - F. Rodolphe (18 heures)
• Université Paris 11, Master Domaine Sciences et Technologies, Mention : "Génomes, Cellules, Développement", M2 :
  • Module tronc commun : "Génomique Comparée et Évolution"
    • Analyse fonctionnelle in silico - JF Gibrat (3 heures)
• Université Paris 11, Master Bioinformatique et Biostatistiques (BIBS):
  • Module "Fouille de Données dans de grandes Sources de Données Hétérogènes"
    • Fouille de texte - C. Nédellec (4 heures)
• Université de Versailles St Quentin-en-Yvelines, Master recherche, Mention : "Bioinformatique et Génomique", M2 :
  • Module tronc commun : "Études Structurales des macromolécules"
    • Modélisation moléculaire des protéines - JF Gibrat (12 heures)
  • Module "Méthodologie bioinformatique"
    • Comparaison de génomes microbiens + tutorat de projet - H. Chiapello (2 heures)
    • Recherche de mots de fréquence exceptionnelle - S. Schbath (3 heures)
    • Analyse des transferts de gènes - P.Bessières (18 heures)
• Université de Rouen, Master "BioInforMatique Etudes de Génomes : Outils Informatiques et Statistiques" (EGOISt)
  • Extraction d'information en biologie - P. Bessières (4 heures), C. Nédellec (4 heures)
• Université Charles, Prague :
  • Biologie, Informatique, et Génome : Modèles Analyse, Méthodes et Algorithmes - K. Zimmermann (60 heures).
• Institut d'Informatique d'Entreprise-CNAM, Evry :
  • Bases de données relationnelles - P. Bessières (21h)

Formation Permanente / Ecole chercheurs

• INRA - Jouy en Josas : Cycle de formation en bioinformatique (Plateforme Migale)
• Génopole - Evry
  • Liens fonctionnels et contexte des gènes procaryotes - P. Bessières (6 heures)