Le projet porte sur l'extension de l'outil de recherche et d'analyse des éléments mobiles conjugatifs "ICEScreen".

L'extension portera sur une recherche d'éléments plus diverses (éléments conjugatifs, IME et ICE) au delà du phylum des Firmicutes (Bacillota), ainsi que sur l'étude du bornage de ces éléments dans leur contexte génomique.

Il s'agit ici d'aborder différentes questions liées à la stabilité des réseaux métaboliques présents dans les bactéries, en intégrant explicitement les aspects touchant à la régulation  génétique. Sur la base d'une modélisation de type ODE, il s'agit de tirer parti  de la structure spécifique du système dynamique pour étudier ses propriétés qualitatives, comme,  par exemple,  l'existence de point d'équilibre et de leur stabilité, etc.  En effet, ces systèmes dynamiques peuvent être décomposés en sous-systèmes  qui ont des dynamiques à des échelles de temps bien différentes.  En dépit de cette propriété forte, il n'est généralement pas possible d'utiliser les résultats  classiquement appelés pour traiter des systèmes multi échelle. En effet, la dynamique la plus rapide, celle attachée aux réactions enzymatiques,  n'est généralement pas stable (cette partie du système est a priori oscillante). L'objet de ce travail est donc de développer une approche permettant de traiter cette première difficulté et de l'étendre progressivement d'une voie au réseau global. Ce travail profitera des modèles qui sont disponibles au sein de BioySys, en particulier celui de Bacillus subtilis.

Thibault effectue son post-doctorat au sein de l'unité BIOEPAR à Nantes, en collaboration avec l'équipe Dynenvie.

Développement d'une méthode semi-supervisée pour étiqueter des termes de textes par les concepts d'une ontologie. La méthode génère par word embeddings des représentations vectorielles continues des termes complexes dans un espace sémantiquement structuré par l'ontologie du domaine. Ces vecteurs sont plongés dans l'espace vectoriel construit à partir de la structure de l’ontologie. Le plongement est obtenu par entraînement d’un modèle. Le calcul de distance entre vecteurs de termes et vecteurs de concepts détermine ensuite l'étiquetage ontologique des termes.

Contribution to the specification and development of the OpenMinTeD text-mining infrastructure starting from Alvis Suite principles (mainly WP5 and WP9)

Contribution to the requirement analysis, specification and development of the use cases Agriculture and Biodiversity scenario of the Text-Mining infrastructure OpenMinTeD H2020 project (WP4 and WP9 mainly).

Contribution to the development of the OpenMinTeD European text-mining infrastructure and Alvis Suite deployment.

Ce travail sera centré sur le modèle FLORSYS de dynamique pluri-annuelle de la flore adventice, qui a pour objectif d'aider au développement de nouvelles stratégies de gestion des adventices. D'un point de vue méthodologique, il nécessitera de mettre en place des méthodes nouvelles pour le traitement d'entrées dépendantes.
Cette première phase de post-doc sera suivi par un séjour de longue durée (1 an) au James Hutton Institute (Dundee, Ecosse), et se terminera par un retour au sein de l'Unité MaIAGE.
Plus d'infos sur:  http://genome.jouy.inra.fr/~abensadoun/

Développer de nouvelles variétés de maïs pour une agriculture durable : une approche intégrée de la génomique à la sélection.

Le projet domestichick a pour ambition d'étudier l'histoire évolutive du genre Gallus et plus particulièrement les mécanismes à l'oeuvre lors de la domestication de Gallus gallus (poule domestique) par des approches de reséquençages. Dans ce cadre le travail du post-doc consiste à faire de la bioanalyse de données de séquençage pour étudier la structure des populations de poules et détecter des introgressions de matériel génétique issu de poules sauvages dans le génome de la poule domestique, à l'exemple du gène de peau jaune.

Annotation de régulations génétiques chez l'arabette :
Le projet vise à organiser une des tâches d’extraction d’information (EI) de la prochaine édition de la Shared Task” de BioNLP en 2015 sur le thème “Gene Regulation Network in Arabidopsis thaliana”. Il mobilise trois laboratoires de l’IDEX : MIG (INRA) et le LIMSI (CNRS) du CDS, et l’IJPB (INRA) du Labex SPS (Saclay Plant Data Science) et de l’IMSV.

Le projet MIHMES vise à produire des connaissances et des méthodes pour la gestion des maladies animales infectieuses endémiques et des risques en santé publique vétérinaire. Dans ce cadre, ce travail post-doctoral s'intéresse à la modélisation de la propagation de salmonelles en filière porcine (de l'élevage à l'abattoir). Ses objectifs sont les suivants :
   - représenter la contamination des carcasses en sortie d'abattoir en fonction des sorties d'élevage;
   - représenter les mesures de contrôles de l'élevage à l'abattoir permettant de réduire la contamination des carcasses;
   - réaliser une analyse coûts-bénéfices de ces mesures de contrôles.

Propionibacterium freudenreichii est une espèce bactérienne souvent utilisée pour la fermentation des produits laitiers. Dans le cadre du projet ANR SURFING, plusieurs génomes de ces bactéries ont été séquencés, assemblés, alignés et annotés. Une analyse plus fine de ces séquences étant nécessaire pour mieux comprendre les événements évolutifs qui ont façonné la diversité de cette espèce d'intérêt agronomique, une étape indispensable passe par l'inférence d'un arbre phylogénétique robuste modélisant l'histoire évolutive clonale de ces souches hautement recombinantes. Basé sur le développement de nouvelles méthodes d'inférence phylogénomique, cet arbre clonal servira de support pour caractériser les mécanismes évolutifs (recombinaison homologue, sélection positive, transferts ou pertes de gènes) ayant conduits à la diversité des souches actuelles de P. freudenreichii.