L'unité MIG et l'unité MIAJ ont fusionné au 1er janvier 2015. Elles constituent dorénavant la nouvelle unité MaIAGE dont le site internet est accessible via l'URL suivante : http://maiage.jouy.inra.fr.

Projets

Voici ci-dessous les projets sur lesquels nous sommes (ou avons été) investis :

  • AGENAE : Analyse de GENomes d'Animaux d'Elevage,
  • AGMIAL : Annotation de Génomes Microbiens d'Intérêt AgroaLimentaire,
  • AGROBI levure : Bases de la diversité métabolique au sein de l'espèce S. cerevisiae

    Ce projet a pour ambition de comprendre les mécanismes moléculaires responsables des variations métaboliques au sein de l'espèce Saccharomyces cerevisiae, en mettant en oeuvre une démarche de bioinformatique et de modélisation systémique qui repose sur l'intégration des connaissances biologiques. L'objectif est également d'explorer le déterminisme de propriétés spécifiques des levures S. cerevisiae d'intérêt oenologique.

  • AGROBI puce :

    Ce projet se concentre sur une question biologique importante de la biologie moderne : comprendre la fonction biologique d'un hub. L'objet d'étude est un hub, découvert chez B. subtilis, et qui se situe à l'interface de plusieurs processus cellulaires essentiels. La démarche s'inscrit résolument dans le cadre de la biologie intégrative car elle combine la production de données d'interactome et surtout de transcriptome de haute qualité, la modélisation mathématique pour prédire/valider des liens fonctionnels entre protéines, et la validation expérimentale pour confirmer/infirmer les prédictions et affiner le modèle.
    Pour atteindre ces objectifs scientifiques, nous aborderons de manière approfondie la question méthodologique d'intérêt très général qui vise l'exploitation systématique et pertinente des données issues de l'analyse transcriptomique par des approches statistiques et informatiques.

  • ALVIS : Superpeer Semantic Search Engine.

    Ce projet est un contrat STREP (Specific Targeted Research Project) de IST (Information Society Technology) dans le 6ème Programme Cadre européen sur le développement de moteurs de recherche spécialisés et distribués sur le web (2004-2006). MIG est impliquée dans l' apprentissage de connaissances sémantiques et l'application à la génomique.

  • Analyse automatique en domaines des protéines de la Protein Data Bank

    Ce projet NIH (2003-2005) est une collaboration avec l'Institut National du Cancer (NCI) et le Centre de Technologie de l'Information (CIT) des Instituts Nationaux de la Sante (NIH), Bethesda, USA. MIG
    participe à l'encadrement d'un post-doc sur l'analyse des structures tridimensionnelles.

  • Analyse fonctionnelle in silico : amélioration du pouvoir de détection des méthodes de recherche d'homologie basées sur la conservation des structures tridimensionnelles des protéines.

    Ce projet a été soutenu sur 2 ans par le Programme inter-EPST Bioinformatique en 2001. Il portait sur l'analyse statistique de la distribution des scores des méthodes de reconnaissance de repliements

  • ATLAS : From Application to Theory and Adaptative.
  • BACELL Network - From gene to gene function: regulatory networks in the model Gram-positive bacterium Bacillus subtilis,;
  • BaSynthec : Bacterial Synthetic minimal genomes for biotechnology
  • BASYSBIO : Premier projet européen de Biologie des Systèmes

    Ce projet a pour objet d'améliorer la compréhension de la physiologie de la bactérie modèle B. subtilis. Il s'appuie sur le développement de technologies biologiques nouvelles permettant d'acquérir de façon systématique des informations à l'échelle de la cellule. Ce projet devrait conduire, à travers un processus itératif alternant modélisation/expériences/falsification, à un modèle globale de la régulation
    de la voie des carbones de B. subtilis. Celui intégrera à la fois le réseau métabolique mais aussi sa régulation génétique. Enfin, le problème de la transposition des résultats obtenus sur une espèce
    modèle sera abordé sur deux pathogènes Gram +.

  • BioMIRE : Reconnaissance des noms de gènes, de protéines et de voies métaboliques dans les textes scientifiques, en vue de l'indexation et de l'extraction automatique de connaissances.

    Ce projet était une collaboration avec le Centre Européen de Recherche de Xerox (XRCE) de Grenoble et l'Unité de recherche Rhône-Alpes de l'INRIA, Grenoble. MIG était impliquée dans la détection de noms de gènes. Il a été soutenu par le Ministère de la Recherche - Direction de la Technologie sur une durée de 18 mois à partir de 2001.

  • BIOWIC : Workflow pour les traitements intensifs en bioinformatique.
  • CADERIGE (1 et 2) : Catégorisation Automatique de Documents pour l'Extraction de Réseaux d'Interaction Géniques.

    Ces deux projets successifs ont été soutenu sur 1 puis 2 ans par le Programme inter-EPST bioinformatique (2000-2003). MIG était impliquée dans l'apprentissage d'ontologies à partir de textes sur le génome.

  • CBME : Computational Biology for Metagenomics Experiments.
  • COCOGEN (COmparison of COmplete GENomes) : an algorithmic and statistical approach to investigate the mechanisms of bacterial genome evolution.
  • DECRYPTHON : Cancer du rein et phosphorylations oxydatives. Recherche de cibles thérapeutiques contre les tumeurs résistantes aux anti-mitotiques.
  • DOMESTICHICK : Ce projet repose sur le séquençage des génomes de plusieurs individus appartenant aux quatre espèces sauvages du genre Gallus et à de nombreuses races de poules domestiques. L'objectif est de mieux connaître la diversité génétique des poules domestiques, grâce à la reconstitution des relations phylogénétiques entre les quatre espèces sauvages et de l'histoire de la domestication des poules.
  • DYNAMOCELL :

    L'objectif central de ce projet est d'essayer de mieux comprendre la régulation des voies métaboliques de B. subtilis et plus généralement de mesurer l'intérêt de la biologie des système dans ce contexte. L'originalité de ce projet, en regard des travaux publiés à ce jour en biologie des systèmes, consiste à
    prendre en compte simultanément les connaissances des voies métaboliques et des processus biologiques avec
    celles des mécanismes de régulation auxquels ils sont assujettis.

  • Express Fingerprints: Expression profiles as fingerprints for the safety evaluation of new strains, including GMOs used in bioprocessed food,
  • EcoMet : Analyse d'un écosystème microbien fromager responsable de la biosynthèse de composés soufrés jouant un rôle décisif dans le caractère typique des fromages : étude du métabolisme du soufre.
  • EPIPAGRI : Vers une gestion européenne mutualisée de la propriéé intellectuelle dans
    le domaine des biotechnologies de l'agriculture.
  • EXECO : Etude méta-transcriptomique et biochimique de l'écosystème fromager : pour un contrôle accru de l'expression d'un écosystème alimentaire complexe.
  • EXTRAPLODOCS : EXTRAction de connaissance pour l'exPLOitation de la DOCumentation Scientifique.

    Ce projet a obtenu un contrat RNTL (Réseau National de Recherche en Technologie Logicielle) avec le laboratoire mixte CNRS-Université Paris 13, LIPN (Laboratoire d'Informatique de Paris-Nord) et la société Hybrygenics (2003-2005). Le thème pour l'unité concerne l'apprentissage automatique pour l'extraction d'information textuelle en génomique.

  • FaecalVir : Large scale screening of commensalism/virulence transition phenotypes of Enterococcus faecalis.
  • FLAVOPHYLOGENOMICS : Analyses phylogénétiques des bactéries pathogènes des poissons du genre Flavobacterieum.
  • GEMO : Génomique Evolutive de Magnaporthe oryzae.
  • GENOFERMENT : Compréhension d'espèces microbiennes dans des matrices alimentaires et origine de leur diversité génétique.
  • Génomique structurale de la levure,
  • GENOTO3D : Apprentissage automatique appliqué à la prédiction de la structure tertiaire des protéines

    Ce projet a été soutenu sur 3 ans à partir de septembre 2003 par l'ACI Masse de données.

  • GENYEASTRAIT : Décryptage bases molécuklaires des propriétés d'une levure oenologique par approche intégrée génomique et génétique.
  • KDNet : Knowledge Discovery Network of Excellence.

    C'est un Réseau d'Excellence européen IST dans le 5ème programme cadre. (www.kdnet.org) comportant plus de 120 partenaires (2004-2006). C. Nédellec (MIG) en est la responsable scientifique. L'unité est concernée par l'aspect apprentissage pour la bioinformatique.

  • KDubiq : Réseau d'excellence en "découverte de données pour l'ubiquité".
  • MEETAC : Valorisation des données transcriptomiques bovines à l'interface mère-embryon pour une compréhension intégrée de l'implantation.
  • METASOIL : Description et exploitation de la communauté microbienne du sol par une approche métagénomique.
  • MICROBIOGENOMICS : Extraction optimisée d'informations pertinentes à partir de données complexes et hétérogènes issues de comparaisons génomiques : développement d'un centre de ressources en génomique microbienne.
  • MICRO-OBES : Microbiome intestinal humain dans l'obésité et la transition nutritionnelle.
  • MIGADI : MIcrobial Genome Annotation using Data Integration.
  • Modélisation du mécanisme d'interaction de la protéase HIV et de ses inhibiteurs au niveau atomique.

    Ce projet faisait partie d'une Action intégrée franco-tchèque BARRANDE (EGIDE, Ministère des Affaires Etrangères) en collabporation avec l'Institut de Chimie Macromoléculaire à Prague (2002-2003). MIG était chargée des simulations statiques et dynamiques par les logiciels AMBER+ORAL à partir des structures cristallographiques.

  • MOSAIC : Analyse comparative de génomes microbiens : étude de la distribution statistique de mots dans un modèle hétérogène,
  • NANO-MUBIOP : is an EU funded project that means enhanced sensitivity NANOtechnolmogy based MUltiplexed BIOassay Platform for diagnostic applications.
  • NEMO : Statistics for motifs in biological networks
  • OntoBiotope : Construction d'une ontologie des habitats bactériens.
    L’équipe Bibliome de l’unité MIG est impliquée depuis 2011 dans l’organisation d’une des deux grandes compétitions internationales en extraction d’information à partir de textes en biologie, « BioNLP Shared Task », et en dirige l’édition 2013. Dans le domaine de l’extraction d’information concernant la microbiologie, sa spécificité est de mobiliser les experts sur deux de nos problématiques : les interactions géniques chez les bactéries et les relations entre microorganismes et description de leurs habitats. C’est sur cette base que nous mobilisons les microbiologistes dans le projet OntoBiotope, réseau soutenu par le métaprogramme métaomique des écosystèmes microbiens (MEM) pour 2012 et 2013. L’objectif est d’étendre et d’enrichir l’ontologie, actuellement centrée sur les bactéries, en mettant à contribution les microbiologistes de différents domaines. Les annotations expertes seront proposées comme sources de données dans les futures compétitions en extraction d’information à partir de textes. L’ontologie va nous permettre dans un premier temps de créer un système de recherche d’information spécialisé basé sur AlvisIR, notre moteur de recherche sémantique.
  • PathoBactEvol : L'objectif de ce projet est d'évaluer, à travers une expérience d'évolution, le potentiel d'adaptation de Bacillus cereus à des conditions physiques particulières et le potentiel d'évolution de son pouvoir pathogène.
  • PIVERT : Mathematical and Algorithmical aspects of biochemical and evolutionary networks.
  • PROTEUS : Reconnaissance de repliements et repliement inverse : vers une prédiction à grande échelle des structures des protéines « orphelines » de génomes bactériens.
  • QUAERO : Programme collaboratif de Recherche et Développement, centré sur l'usage de contenus numériques multimédias dans des environnements professionnels et grands publics : extraction automatique d'informations, analyse, classification et exploitation.
  • RAFALE : Règle pour l'annotation fonctionnelle semi-automatisée de la levure.
  • SalivMetaPep : Etude des peptides microbiens dans la salive humaine par "méta-péptidomique".
  • SPECIA-FONGE : Spécificités de la spéciation chez les pathogènes fongiques par des approches théoriques, génomiques et expérimentales. Recherche de gènes soumis à sélection diversifiante chez Microbotryum et Botrytis.
  • SURFING : Rôle des protéines de surface de Lactobacillus delbrueckii et Propionibacterium freudenreichii dans la modulation de l’inflammation intestinale.
  • THREAD : Développement de méthodes de reconnaissance de repliements de protéines.

    Ce projet, en collaboration avec J. Pothier (Atelier de Bioinformatique, Jussieu) a été soutenu sur 2 ans par le Programme inter-EPST Bioinformatique en 2000.